多年来，大规模过度开发已造成了长江上游部分干支流“江河水库化、生态破碎化、利益集团化、整体低效化”的局面。为此建议:
　　一、统筹规划，严控项目，适度开发并推动立法保障。根据长江流域水资源和水环境的承载能力，刚性规定水能资源开发利用上限。明确禁止开发和限制开发区域、河流和河段。调整重大规划和项目审批层级，对目前属于省级审查、审批的重大规划和规划环评的权限上收到国家。加强国家对上游梯级水库的联合调度和统一管理，改变“地区分割、部门分割、上下分割”现状，提高水资源综合利用水平。
　　二、进一步强化生态优先战略考虑，以水电工程生态评估为依据，最大限度恢复河流生态系统健康。根据规划环评从严控制、审批水电开发项目。对长江上游所有水电工程进行生态影响评估，对在建设过程中未进行环评或未达到环评要求的有关工程，一律停产整顿。拆除整改无规划、无设计、无管理、无验收的电站和长距离引水、无生态下泄流量等破坏生态环境的电站。
　　三、本着利益共享原则，探索建立生态保护和水电资源开发补偿机制。将生态环境保护、移民区经济社会发展成本计入电价成本，逐步提高水电上网价格，将价格增加部分纳入由第三方管理的长江上游水电开发生态资源补偿基金，主要用于库区和水源上游区域生态保护、发展库区特色经济等。据测算，对金沙江干流水电站发电征收1分/度电，每年就能够筹集32亿元补偿基金。
　　四、创新移民制度，完善政策法规，支持库区移民可持续发展。积极探索动态补偿、教育补偿、产业发展扶持补偿、失地农民养老补偿等多种补偿方式，提高移民区的“造血”功能。建立科学合理的水电开发利益分配制度，设立水电移民扶持发展基金，用于移民后续产业发展以增加就业。