国家中长期科技发展规划指出“国家创新体系是以政府为主导、充分发挥市场配置资源的基础性作用、各类科技创新主体紧密联系和有效互动的社会系统”。并提出“建设以企业为主体、产学研结合的技术创新体系，并将其作为全面推进国家创新体系建设的突破口”。在这一体系中关键是各方面的结合与互动，其中处理好主导与主体的关系尤为重要。
　　根据WTO《补贴与反补贴协定》，各国可以对公司的研究活动或对高校、研究机构与公司签约的研究活动提供财政支持，只要这种资助不超过规定的比例就可以（如不超过工业研究成本的75%或竞争前开发活动成本的50%）。事实上一些国家早已超出了上述“不可诉补贴”范围。在2000年美国政府的科技经费中还有33%投向企业，而我国是10%；在企业的科技费用中来自财政的比例，美国是12%，而中国是4.6%。显然无论从WTO的规则还是与发达国家的比较上看，我国政府科技经费对企业创新的支持远未到位。除了财政对企业研发的支持外，政府在资源和市场配置上可发挥很大的作用。不经过市场就不可能完成技术创新过程，我国广大的市场应该成为自主创新和技术进步的战略资源，我们要像珍惜自然资源一样重视和用好市场资源。
　　利用标准设置技术壁垒是发达国家通常采用的办法。目前使用的第二代移动通信有GSM和CDMA两类标准，欧盟和美国分别是这两类标准的主要专利持有者，在GSM标准刚起草时，欧盟就要求其成员国的通信运营商签署协议并预留频率，保证欧盟使用GSM网络标准，阻挡了CDMA标准进入欧洲。美国在本国的CDMA系统发展到一定规模以后，才允许GSM系统进入市场。我国曾经在2003年制定WAPI（无线局域网鉴别和保密基础结构）标准，虽然晚了点，但对我国的自主创新也是很大的鼓舞。
　　一些国家的政府很注意营造产学研用合作的环境，通过公共财政科技项目的申请条件和税收优惠等措施来引导。欧盟明确对产业进行技术转让是大学的一项使命，一些国家还通过立法明确要求科技界与企业合作，日本电信运营商NTT每年以约3%的销售收入投到研发，并按照政府要求以与日本国内的上游厂商合作研发设备为其使命，为这些设备生产厂商提供新产品试验环境。
　　政府主导作用的效果需要通过企业的主体作用才能体现，市场在资源配置中的基础性作用的充分发挥也有赖于政府的引导，要使这几方面的作用协调发展，关键是建立有利于创新的体制和机制。

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